PCIe模块的工作时钟，主要有两个来源：一个是来自芯片内部，称作内部时钟；一个是来自芯片外部，称作外部时钟。当PCIe工作在RC模式下时，通常使用内部时钟；如果要使用外部时钟，则时钟信号必须外接专用的时钟源。当PCIe 工作在EP模式下时，通常使用主设备的输出时钟。
主设备（RC）的时钟通过PCIe0 PHY 控制寄存器0（0x200500B4）的第0比特来控制。时钟控制必须在PCIe系统控制器使能之前完成。
运行下面命令查看当前时钟的使用状况（以hi3531为例）： himd.l 0x200500B4 运行下面命令，让PCIe 使用外部时钟： himd.l 0x200500B4 0x05605000 运行下面命令，让PCIe 使用内部时钟： himd.l 0x200500B4 0x05605001
另外，PCIe工作在RC模式下，必须将时钟输出，以供从设备使用。以hi3531为例，寄存器PERI_CRG30（0x20030078）的第7，8比特必须为0，才能识别到从设备。除非从设备的时钟不由主设备提供，我们不建议主从时钟不同源这种用法！
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