嵌入式系统的设计是使用一组物理硬件和软件来完成所需功能的过程，所以在一个嵌入式系统的设计过程中，软件设计和硬件设计是紧密结合、相互协调的。在设计时，从系统功能的实现出发，要把软硬件同时考虑进去。一个基于Windows CE的嵌入式系统开发的主要内容有：
（1）设计系统硬件。
（2）将Windows CE操作系统移植到目标硬件平台上。
（3）建立交叉调试通道，编写和调试应用程序代码。
我们可以用下图来描述具体的开发流程：图 基于Windows CE的嵌入式系统开发流程
基于Windows CE的软件开发模式比较统一，通常使用Platform Builder定制出针对特定硬件平台的操作系统映像文件NK.bin，使用Embedded VC++或Visual Stidio.net开发上层的应用软件。嵌入式系统层软件开发过程对应于Windows CE操作系统在目标硬件平台上的移植和定制过程，嵌入式应用层软件的实现即Windows CE应用程序的开发过程。
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